肇事逃逸保险还管吗?

   这种说法不正确。《交强险条例》第22条和第24条都明确规定 ，机动车事故发生后或者肇事后逃逸的，保险公司在机动车交通事故责任强制保险责任限额内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿。

附：

第22条 有下列情形之一的，保险公司在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内垫付抢救费用，并有权向致害人领导追偿：(一)驾驶人未取得驾驶资格或者醉酒的；(二)被保险机动车被盗抢期间肇事的；(三)被保险人故意制造道路交通事故的。

有前款所列情形之一，发生道路交通事故的，造成受害人的财产损失，保险公司不承担责任。

第24条国家设立道路交通事故社会救助基金。

  有下列情形之一时，道路交通事故中受害人人身伤亡的丧葬费用、部分或者全部抢救费用，由救助基金先行垫付，救助基金管理机构有权向道路交通事故责任人追偿：(一)抢救费用超过机动车交通事故责任强制保险责任限额的；(二)肇事机动车未参加机动车交通事故责任强制保险的；(三)机动车肇事后逃逸的。

那么请问,肇事车辆本身就不合法(比如:套牌车),司机肇事后也逃逸了,车辆被交警大队扣押!

赔偿应该由谁来支付呢?

交强险必须赔偿。如果是商业三者险按照合同约定。